Lokasi

Kota Balikpapan memiliki luas wilayah sekitar 50.330,57 Ha atau 503,3 km²  dan secara administrasi pemerintahan dibagi menjadi 6 wilayah Kecamatan, yaitu : Kecamatan Balikpapan Timur, Balikpapan Barat, Balikpapan Selatan, Balikpapan Utara, Balikpapan Tengah sejak tahun 2006 Kota Balikpapan telah memiliki rencana lokasi pembangunan Kebun Raya Balikpapan yang terletak di wilayah Kelurahan Karang Joang, Kecamatan Balikpapan Utara, yaitu di Kawasan Hutan Lindung Sungai Wain (HLSW) dan secara geografis terletak pada koordinat BT 116⁰ 51' 0,55" 116⁰ 51' 54,4" dan LS 01⁰ 07 49,2"-01^{0 08' 46,6".}

Lokasi Kebun Raya Balikpapan yang merupakan bagian kawasan yang berada di dalam kawasan Hutan Lindung Sungai Wain,ditunjuk sebagai Kawasan Hutan Dengan Tujuan Khusus (KDTK) berbentuk Kebun Raya dengan luas + 309 Ha, berdasarkan Surat Keputusan Menteri Kehutanan Nomor 105/ Menhut-II/ 2006 dan selanjutnya ditetapkan melalui Surat Keputusan Menteri Kehutanan Nomor 68/Menhut-II/2009 sebagai Kawasan Hutan Dengan Tujuan Khusus (KDTK) berbentuk Kebun Raya dengan luas 309,8 Ha.