Embung Wain 3 dibangun pada Bulan Maret sampai Desember tahun 2016 oleh Pemerintah Pusat, yang anggarannya dibebankan kepada Anggaran Pendapatan Belanja Negara (APBN) Tahun 2016. Tujuan dari dibangunnya Embung Wain 3 adalah sebagai tempat konservasi air permukaan, dimana air tersebut dapat digunakan untuk kebutuhan air bersih di Kebun Raya Balikpapan, baik bagi pengunjung maupun karyawan, karena sampai saat ini Kebun Raya Balikpapan belum mendapatkan akses air bersih dari PDAM. Embung Wain 3 melengkapi 2 Embung Wain yang telah dibangun sebelumnya di Kebun Raya Balikpapan, dimana ketiga embung wain tersebut diperuntukkan ke 3 zona yang berbeda di Kebun Raya Balikpapan.