Infrastruktur Mushola berfungsi sebagai tempat ibadah, baik ibadah untuk pengunjung maupun karyawan yang ada di Kebun Raya Balikpapan. Mushola tersebut juga dilengkapi dengan fasilitas tempat wudhu yang menjadi satu dengan infrastruktur toilet. Mushola Kebun Raya Balikpapan telah diperbaharui dengan warna cat kuning.